Kimihiro Watanuki consegue ver espíritos e outras criaturas sobrenaturais, uma capacidade bastante incómoda de que ele detesta profundamente. Um dia, a caminho de casa, enquanto é atormentado por alguns espíritos, sente-se inexplicavelmente compelido a entrar numa casa estranha. Lá, encontra Yuuko, uma mulher misteriosa que afirma ser capaz de livrá-lo da capacidade de ver e atrair essas criaturas incómodas, por um preço. Ela exige que ele trabalhe na sua loja que realiza desejos às pessoas, e assim começam as aventuras de Watanuki através de acontecimentos estranhos e maravilhosos.