Dopo la sanguinosa caduta della Shinsengumi, Edo è sotto il controllo dell'Harusame. Nobume rivela a Gintoki la scioccante verità su Utsuro: egli è un'entità immortale generata dall'Altana (l'energia vitale del pianeta) e le sue innumerevoli reincarnazioni includono proprio Yoshida Shouyou. Intanto, Katsura e Sakamoto rintracciano il nuovo Shogun Nobunobu per organizzare un contrattacco.